优吉欧终于与年幼便开始寻找的少女爱丽丝重逢。但是，这个爱丽丝已经不是当年那个《露莉德村》时的她，只是为了抓捕打破禁忌目录的桐人和优吉欧而来的。爱丽丝并没有幼年的记忆，还自称《集成骑士》。 桐人和优吉欧虽被关入了《公理教会》的象征《中央大教堂》的地下牢中，但凭借桐人的机智而总算逃了出来。在仿佛看出了他是《外部》人类的谜之少女Cardinal的帮助下，两人以让爱丽丝恢复《原本的样子》向着塔的顶点前进！ 但是由《合成之秘术》诞生的最强战士们出现在桐人与优吉欧的面前！…